1、国际经贸关系硕士学位方向
南开大学与澳大利亚弗林德斯大学合作举办国际经贸关系硕士学位（Master of Arts International Relations in Economy and Trade）教育项目在国内中外合作办学项目中具有较高声誉。该项目于1999年经中国教育部批准，2000年开始招生。
学制：2年
学费：14万人民币，分两学年缴纳 南开大学账号
入学条件：本科毕业申请者需要三年以上工作经历；本科学士学位可直接申请
课程设置：
共计14门课程，澳方课程8门，中方课程6门
中方南开大学课程：
西方经济学 / 国际经济学 / 管理学 / 市场营销学 / 商务英语 / 人力资源管理
澳方弗林德斯大学课程：
东亚经济/ 国际关系理论/ 国际金融与贸易体系/ 世界经济发展全球化与区域化/ 国际商务环境分析/ 国际市场营销和投资/ 管理理论与实践/ 国际商法
2、医院管理硕士学位方向
南开大学与澳大利亚弗林德斯大学合作举办医院管理硕士学位（Master of Hospital Administration）教育项目是目前中国国内唯一一个中外合作培养医院管理专业硕士的学位教育项目。该项目于2002年经中国教育部批准，2003年开始招生。
学制：2年
学费：14万人民币，分两学年缴纳 南开大学账号
入学条件：本科且有4年及以上医院相关工作经历申请者
课程设置：
共计16门课程，澳方课程8门，中方课程8门
中方南开大学课程：
中国医院改革管理讲座/ 管理学/经济学基础/ 财务管理/ 服务营销/ 人力资源管理/ 专业英语/ 卫生法规与医学伦理
澳方弗林德斯大学课程：
医疗卫生系统国际视角/ 医院管理导论和卫生服务管理/ 医院财务资源管理/ 组织沟通/风险管理和临床管理/ 卫生规划/ 实用医疗卫生信息学/ 管理项目
3、教育领导与管理硕士学位方向
南开大学与澳大利亚弗林德斯大学合作举办教育领导与管理硕士学位（Master of Educational Leadership and Management）教育项目在国内同类合作办学项目中具有较高声誉，堪称教育领域的MBA。该项目于2011经中国教育部批准，2012年开始招生。
学制：2年
学费：14万人民币，分两学年缴纳 南开大学账号
入学条件：本科学历且需要3年及以上学校及相关工作经历
课程设置：
共计14门课程，澳方课程8门，中方课程6门
澳方弗林德斯大学课程：
教育管理学/ 学校领导与领导力/ 学校人力资源开发/ 组织创新管理/ 学校治理/ 学校战略思维与规划/ 学习型组织的知识管理与引导/ 组织学习与个人能力开发
中方南开大学课程：
教育经济学/ 教育政策与法规/ 教育服务营销/ 21 世纪教育改革与发展趋势讲座/ 学校财务管理/ 组织变革理论